肝肾综合征的发病机理，一般认为主要是由于肾脏血液动力学的改变，而引起肾血流动力学异常所致，多数医者认为非单一因素所致，可能与如下因素有关：

　　(1)有效循环血容量的减少：如上消化道出血、大量放腹水、大量利尿及严重腹泻等致有效循环血容量急骤降低，导致肾血流量减少，肾小球滤过率明显降低而发病。

　　(2)内毒素血症：严重肝病时肠道功能紊乱，致肠内革兰氏阴性杆菌大量繁殖，产生大量内毒素。内毒素血症可致肾血管收缩，肾内血液分流，皮质血流减少，肾小球滤过率降低而发病。

　　(3)心房利钠因子作用：有人测定肝肾综合征患者，血中心房利钠因子含量均显著降低。故肝肾综合征患者肾脏对体液容量增加不产生利尿利钠反应。

　　(4)前列腺素作用：近年有人发现肝肾综合征时，尿内血栓素B2含量增高，故认为这和肝肾综合征的发病有关。另有人发现肝硬化患者，其肾脏前列腺素E2合成明显减少，并且在肝肾综合征时，尿中前列环素I2下降，血栓素B2含量增高，提示病人体内血栓素A2合成增加。推测严重肝功能损害时，患者前列腺素代谢失调在肝肾综合征中起重要作用。