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肛窦底部有能够分泌液体的肛门腺和肛门腺导管，平时能分泌出粘性液体，润滑大便和保护直肠肛门。由于肛窦像一个漏斗，开口向上张着，粪便和其他脏东西，就很容易积存在窦里，同时也容易被硬的粪便擦伤弄破。细菌侵入之后就会引起肛窦内感染，并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延，所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源，如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等，肛管上皮癌的发生，也与慢性肛窦炎症的刺激有关。
由于肛窦的两旁就是肛乳头，所以肛窦发炎后首先是波及肛乳头，引起肛乳头发炎，肿胀肥大。临床上肛窦炎和肛乳头炎常常是伴在一起发生的，所以我们把它们放在一起讨论。
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